Док се др Џон Вотсон не појављује у Еноли Холмс, филм садржи кратку алузију на Вотсона кроз траг који укључује букет цвећа.
Енола Холмес не укључује Шерлоковог истражног помоћника, др Џона Вотсона, али му се даје суптилна референца током заплета филма. Пошто филм прати Енолу док покушава да открије где се налази њена нестала мајка Јудорија (Хелена Бонам Картер) и отвара сопствену детективску агенцију у патријархалној клими викторијанске Енглеске, већина легендарних ликова из изворног материјала Артура Конана Дојла, укључујући и Мајкрофта (Сам Клафлин), Лестрејд (Адел Актар) и Шерлок (Хенри Кавил) сам, игра секундарне антагонистичке улоге као препреке које Енола треба да превазиђе током своје истраге.
Док је Шерлокова и Вотсонова прва канонска истрага Студија у скерлету дешава се 1881. Енола Холмес сугерише да се динамични дуо још увек није срео упркос томе што је смештена у 1884. У више наврата, Енолин старији брат Шерлок је описан као усамљеник. Када се Енола представља као Шерлоков помоћник да посети имање Тјуксбери, инспектор Лестрејд тврди да је Шерлок увек ради сам. Када Шерлок посети Едит Грејстон (Сузан Вокома) у њеној продавници чаја, она каже да је Шерлок нема пријатеља, само чудно занимање. Када Енола даје излагање о свом животу, новински исечак назива Шерлока а млад детектив, што сугерише да Енола Холмес прати Шерлока током шест година колико је радио као детектив без Вотсона. Док Вотсон није физички присутан током Енола Холмес , на легендарног доктора се укратко алудира кроз траг који је за собом оставила Еудорија.
Повезано: Крај Еноле Холмес, завера убиства и објашњен идентитет убице
Када Енолина мајка Еудорија нестане на почетку Енола Холмес , она оставља за собом пакет пун трагова које Енола треба да дешифрује. Унутар тог пакета, Енола открива једну од мајчиних загонетки са речима: папирић одштампан низом насумичних слова које Енола декодира да би прочитала Енола, погледај у моје хризантеме. Пратећи траг, Енола истражује Тхе Језик цвећа књижицу коју је њена мајка оставила и открива да хризантеме симболизују породична везаност и наклоност. Након што је претражила вазу са хризантемама у мајчиној спаваћој соби и није пронашла ништа, Енола тада схвата да је њена мајка мислила на слике хризантема које је насликала. Док овај траг наводи Енолу да открије коверту новца скривену у Јудоријиној слици која обезбеђује средства за њено путовање и покреће заплет, сличан траг делује као катализатор у другом Енола Холмес књига укључујући др Вотсона.
У Случај бизарних букета: мистерија Еноле Холмес, Енола открива да је Шерлоков партнер др Вотсон затворен у лудници након што је послао поруку кроз букет цвећа. Одлучујући да помогне Шерлоку у решавању нестанка др Вотсона, Енола посећује госпођу Вотсон под псеудонимом Виола Еверсо и примећује да необичан букет цвећа послат у њихов дом симболизује смрт. Пратећи букет до продавнице костима, Енола открива да је сестра власника продавнице Флора била бивша пацијенткиња др Вотсона, коју је он овластио да буде примљен у азил. Из освете, Флора је преварила запослене у азилу да прихвате Вотсона под именом зета којег је убила. С обзиром на њено познавање језика цвећа и Вотсонову стручност као хортикултуристе, Енола на крају дешифрује Вотсонов вапај за помоћ и обавештава Шерлока где се налази.
Док је Вотсоново ускршње јаје унутра Енола Холмес се лако промаши, додаје још један ниво дубине филму, посебно у погледу динамике Шерлока и Еноле. Када Шерлок и Енола причају о Јудоријином нестанку, Шерлок предлаже да Енола престане да буде непотребно емоционална и да открије мистерију тражећи истину. Њихов разговор показује да Шерлок на разум и емоције гледа као на супротстављене идеале, јер верује да је Енолина лична осећања спречавају да реши мистерију. Међутим, Енола решава Еудоријину шифру моје хризантеме користећи своје лично знање о својој мајци, док је Шерлок, не пратећи ништа осим трага доказа који би га довео до слике, један корак иза Еноле. Пошто Шерлок заиста не разуме важност успостављања односа све док Вотсон не дође у његов живот, траг за букет у филму Енола Холмес ефективно истиче Енолине предности и Шерлокове слабости као детектива без Вотсона.
Више: Енола Холмс: Свако ускршње јаје Шерлока Холмса у филму